Proimero entendamos esto, las auditorías de la SHCP son a las cifras de los Estados Financieros.
Después de eso, hay procedimientos y técnicas que te llevan a la revisión de cuentas contables, lo cual conduce al rubro de efectivo y esto a caja, bancos e inversiones.
Particularmente a tu pregunta, pueden hacerlo si es que hay relación entre los depósitos y retiros de la cuenta del contribuyente y la(s) cuenta(s) de terceros.
Algunos dicen que son estrategias, yo opino que no, pero se dan casos en que pasan el dinero de cuenta en cuenta para tratar de ocultar o manipular información.
Es uno de tantos motivos por lo que lo pueden hacer las autoridades fiscales.
P.D. Mucho cuidado porque tienen el poder de embargar las cuentas bancarias, lo cual implica no poder disponer de tu dinero.