El patron solo se compromete con tu sueldo, el hecho de pagarte comisiones (salario variable) haria q tu patron haga muchos movimientos tediosos ante el seguro social (imss).
Lo que podrias hacer es buscar una empresa de outsoursing (pagadora), para que el patro pague las comisiones a esta, esta pagadora recibe el ingreso, les factura y ya te paga a ti, pero ella se quedara con el 16 % de iva asi como alguna retencion de isr q te aplique, pero caeriamos en mismo problema q tienes ahorita.
Otra opcion como dices, es darte de alta en hacienda como persona fisica con act empresarial, asi el patron te paga emporte total, pero tu tendrias q llebar contabilidad y buscar la manera (mediante tus deducciones) de recuperar ese iva q te esta cobrando el patron.
Otro punto a conciderar es q si tu potron te pone las comisiones dentro de tu salario aparte del rollo en el que se mete recuerda q esto generaria mas impuesto para ti.. a ultima hora no acabarias recibiendo la comision al 100 %, si no que le aplicarias impuestos ispt y todo el rollo de la nomina.
Lo mismo suscede ahora con el iva de la comision en la cual no estas recibiendo el 100 % de la comision sino redicido el 16 % de iva.
Son cosas q hay q ponderar.
Es algo complejo, asesorate con algun contador.